鹿児島県から台湾までの約1,200キロの洋上に、まるでアジア大陸の首飾りのように浮かぶ島々は琉球列島と呼ばれている。この琉球列島という呼称は、今日では南西諸島とほぼ同義的に使われている。鹿児島県の奄美大島から沖縄県の与那国島までの南西諸島は、湿潤な亜熱帯性の気候とその島嶼性とが相まって、九州以北の日本本土とは生物相に大きな違いがある。特に脊椎動物ではその違いが大きく、奄美大島の北に位置するトカラ列島を境に、生物境界線「渡瀬線」が設定されている。
例えば世界自然遺産に登録された屋久島にはニホンザルやニホンジカなどが分布しているが､奄美大島以南の島々にはこれらの動物は生息していない｡また、南西諸島では、有名な毒蛇であるハブ属は、トカラ列島の小宝島までしか分布せず、九州本土で普通に見られるマムシ属は逆にトカラ列島以南の島々には生息していない。いくつかの動物群でその分布の様相がことなっているのである。このような事から､この境界線が九州以北を「旧北区」に、南西諸島を「東洋区」に区分するもので､我が国の生物相が大きく二つの区域から成ることを示唆している｡ちなみに､このような現象は植物でも見られ､ヤクスギで名高いスギ属もトカラ列島以南の島々には自然分布していない｡
このような「旧北区」と「東洋区」という生物相の違いだけではなく、南西諸島の島々には固有種(亜種を含む)が多く分布することが知られている。
アマミノクロウサギ・ルリカケス・オオトラツグミは、奄美大島・徳之島の固有種であり、ノグチゲラ・ヤンバルクイナ･ナミエガエルは沖縄本島だけの固有種である。リュウキュウヤマガメは「山原カメ」の異名通りに沖縄県北部のヤンバルと呼ばれる地域と久米島・渡嘉敷島にだけ分布する純陸生のカメである。世紀の大発見と言われたイリオモテヤマネコは西表島の固有種であるが、最近の近代的な手法による分類学的な研究では、東南アジアに広く分布するベンガルヤマネコの亜種だという見解が強くなっている。
いずれにしても南西諸島の動物相の貴重さは、天然記念物に指定されている動物の多さからも伺い知ることができる。沖縄県だけ見ても、国指定の特定天然記念物がノグチゲラ・イリオモテヤマネコ･カンムリワシの三種、通常の天然記念物指定されているもので、アカヒゲ・カラスバト・トゲネズミ・キンバト・セマルハコガメ・リュウキュウヤマガメ・ヤンバルクイナ等が生息している。
（日本野鳥の会機関誌「野鳥」1998年7月号より抜粋）